Главный исследователь региона, мощный центр изучения Сибири.

Музей ведет серьезную научную работу, изучает историю и природу края, выпускает собственные научные сборники. 
Рассказывает истории: через уникальные коллекции — от орудий каменного века и кулайской бронзы до предметов «Великого чайного пути» и залов природы с сибирской фауной.
Музей служит методическим центром для всех музеев области и является главной площадкой для диалога о прошлом и настоящем Томска.